2000年7月成立计算机学院以后，内部管理体制和组织机构主要有五次较大的调整：

2000年7月成立计算机学院，组织机构主要为计算机科学与技术系和计算机基础教学部，计算机科学与技术系下辖计算机应用、计算机软件和计算机网络三个教研室，同时设有相应的研究所和实验室。

2002年7月软件学院独立建制。软件学院下辖软件工程系和网络工程系，设有软件工程教研室、网络工程教研室和教育技术学教研室。

2004年10月，计算机学院与软件学院合并，组成新计算机学院。学院下辖计算机科学与技术系、软件工程系、网络与数字媒体技术系和计算机基础教学部，同时设有相应的教研室、研究所和实验室。

2006年6月，学院成立计算机应用技术研究所、智能与软件技术研究所、图形图像研究所、计算机基础教学部和教育技术学教研室.2012年11月成立认知与智能计算研究所。2011年9月撤销教育技术学教研室。

2015年3月11日，撤销计算机学院、软件工程学院，成立新的计算机学院。同时成立软件学院，计算机学院和软件学院合署办学，实行“一套班子、两块牌子”。

2015年4月，原软件工程研究所更名为计算机软件研究所。

2025年12月，认知与智能计算研究所更名为认知计算与智能交互研究所，撤销图形图像研究所，成立先进计算与系统研究所、数智可视建模与仿真研究所、媒体智能计算研究所、具身机器人研究所、数字诊疗研究所。